天文十四年（1546）6月21日，京都。
本是一个普通的早晨，南军各部一如既往地出阵，对北军的阵地进行无休无止地骚扰。然而，迎来的却是呼啸而出展开反击的北军大队。幸好南军的防御工事也同样修筑地坚固，虽然被打了个措手不及，但是也得以顺利撤回各自的阵地内。智积院、泷尾神社、东山桥、随林寺——等到所有的南军大名都发回了遇袭通报后，作为南军总大将的细川晴元和军奉行的太原雪斋开始意识到问题的严重性。
“莫非是北军的决死总攻？”细川晴元不断揉搓着手掌，紧张的战局令他不由得沁出冷汗，“他们认定了拖下去只会被我们消耗殆尽，所以想鱼死网破了？”
“不无这种可能。”太原雪斋倒是丝毫没有意外的情绪，而是颔首道：“若是如此，就令各部严守阵地、谨慎出击。我军已经扎根多日，防御工事可谓是坚不可摧。只要不贸然出阵浪战，绝无失守的可能。”
“也不用出击了，命令各大名不准踏出阵地一步。”细川晴元索性走向了极端，斩钉截铁地对帐门口的传令兵们道：“只要拖下去，先垮的一定是他们！既然都已经全线来搏命了，那必然是粮草和内部矛盾已经难以为继，我们断无可能在这个时候和他们决战！严令各部，不准出战！”
细川晴元的命令下达后，南军各部随即转入守势。北军尝试攻击阵地，很快就发现他们拿南军的乌龟壳束手无策。无奈之下，北军各部纷纷尝试了各种各样的挑战和挑衅手段，试图通过羞辱的方式激南军出战，甚至主动大摇大摆地在南军阵前变换阵势、解除战备，但有死命令在身的南军还是不为所动。最终，北军只得在日落之际打道回府。
入夜后，北军的营寨同样躁动异常，南军也是全神贯注地加以戒备，谨防已经是孤注一掷的北军发动夜袭。当然，也可能是考虑到了夜袭如此坚固的营盘无异于以卵击石，北军最终没有在夜间展开攻势。
但等到了第二天上午，北军还迟迟不动，南军各部不禁先后起了疑心。而其中怀疑最为强烈的，就是随林寺的武田晴信。
“昨日的猛攻，怕不是为了震慑住我们，好连夜撤退吧？”武田晴信仿佛已经看透了三好长庆心中的小九九。然而，他派出侦察的斥候都被北军的忍者所拦截，想要真正深入侦察，就不得不让军队掩护——可是细川晴元昨日和严令过各部不得出阵。眼看着战役即将胜利，马上就要到了论功行赏的机会，武田晴信可不想在这个时候落人口实。
于是，武田晴信一面让部队做出阵准备，另一面则安排春日虎纲作为信使，去向细川晴元陈述利害，争取出击许可。但细川晴元并没能立刻做出决断，而太原雪斋在昨夜就以协助军略唯有返还了今川家阵中，导致细川晴元也缺乏一个能替他拿主意的谋主。这样耽搁了一个上午后，直到午膳用罢，细川晴元才终于下定决心，允许南军各部派出小股部队，试探北军的虚实——
结果发现，北军的阵地早已是人去楼空。剩下的断后部队和忍者们见空城计暴露后，也是飞快地撤离了。北军的主力早已趁着夜色，退出了一线。军情随着传令兵的奔驰而传遍整个京都战场，直呼中计的南军各部纷纷出击，想要瓜分北军留下的辎重——如果运气好能追上一批辅兵队的话，说不定还能再增加不少缴获。
一马当先的，就正是驻扎在泷尾神社的织田军。织田信长根本没有通知神社内的朝仓家和浅井家，甚至在细川晴元接触免战令之前就已经从侧门绕除了泷尾神社，一路向三十三间堂狂奔而去。在发现三十三间堂无人后，又立刻翻过七条大桥，径直向北边的皇宫和二条城杀去，将其余的友军全部甩在了身后。
而这时，武田晴信反而不急了。他开始担心起北军诱敌诈败的可能性——会不会北军就是想假装退却，实则把南军引入京都北部歼灭呢？不过一口气放弃了这么多修筑多月的坚固阵地，牺牲不可谓不大。想让各怀鬼胎的联军整体执行这样困难的计划，三好长庆怕是也没有这样的本事吧？如果只是三好家自己的部队，倒是不排除反击的可能。
能够说服各家大名放弃自家安全的阵地，除了真的撤退外——三好长庆又能拿出什么理由呢？冒着部队在撤退中崩溃的危险，忍受和南军决战的巨大伤亡，就为了给他三好家博一个前程？
当然，心里这么想着，实际上武田晴信的行动还是非常谨慎的。一直到织田军的旗号出现在新善光寺后，武田晴信才率军从长福寺开始北上，打算把织田军当成自己的探路斥候。而在武田军身后，今川军也从东寺的难民棚外绕了出来，跟着武田军一起向北面的法光寺挺进。
天文十四年（1546）6月22日午时初刻，织田军又占领了平等寺。午时三刻，善长寺也被织田军拿下。午时五刻，织田信长进驻本能寺，仍然没有发现北军的伏兵——至此，武田晴信等南军大名彻底放心了，纷纷开足马力向二条城挺进——皇宫估计是抢不过织田信长了。就连远在摄津官道出的六角军和若狭武田军也已经闻讯赶来，一路追到了大泉寺外。京都的大
街小巷上，随处可见北军撤离时遗留的物资。
天文十四年（1546）6月22日午时七刻，织田军占领皇宫，第一时间确保了皇室和公卿的安全。几乎是同时，织田信长自己带着一小队马廻众径直奔向二条城，抢在武田军等南军各部之前，再次第一个冲入二条城，将织田家的马印插在了二条城上，尽揽此役风光。
然而，就在织田信长准备将织田木瓜旗顺便往二条城天守阁上也插一面时，尴尬的事情却发生了。
“什么？三好家把公方殿……额不，伪公方留在了二条城？”
得知了这一消息的细川晴元在亲信们的簇拥下紧赶慢赶，终于在天文十四年（1546）6月22日未时四刻来到了二条城。除了在周围警戒的部队外，大多数南军大名的军队此刻都驻扎在二条城、皇宫周围。而南军的大名们，则悉数来到了二条城天守阁内的评定室里，等待细川晴元的到来。在评定室的主位上，坐着的正是已故的足利幕府第12代征夷大将军足利义晴的嫡长子——年方十岁的足利义藤（足利义辉）。
无比尴尬的局面发生了，在座的所有大名都是面面相觑，就等着把这棘手的问题甩给细川晴元了。
由于足利义晴是突然暴毙，并未来得及完成将军之位的传承仪式。于是，当时已经控制了京都的三好家便顺理成章地拥立了嫡长子足利义藤继位。而细川晴元只得退而求其次，在将军侧近三渊晴员的帮助下，找到了足利义晴出家的次子足利义秋（足利义昭），拥立他为将军。
在细川晴元的设想里，三好家和细川家的战斗将是漫长的。就算他细川晴元靠着南军的声势夺回了京都，三好长庆也必然会带着足利义藤撤离，换一个三好家的领地新设御所，继续维持着两个将军分庭抗礼的格局。
可三好长庆怎么就把足利义藤给留下了呢？他居然不带走自己的大义名分吗？三好家到底在想什么？细川晴元怎么想都想不明白。
虽然三好家在声望和招牌上的损失是巨大的，但是细川晴元眼下同样面临一个巨大的麻烦——该如何对待三好长庆拥立的“伪将军”？事实上，足利义晴生前早已将足利义藤当做继承人，而将自己的其他孩子全部送去寺庙出家，而足利义藤的身份也得到了包括管领细川晴元在内的大多数近畿大名和幕府、朝廷官员的认可。
虽然之前两军相争，细川晴元和三好长庆互相将对方拥立的将军称为“伪将军”。但真的算一算资格，反倒是细川晴元他拥立的足利义秋——更像是个临时的冒牌货。细川晴元它本身和足利义秋也没什么关系，反倒是和作为少主的足利义藤关系不错，只是为了扯虎皮拉大旗，才把足利义秋从寺里找了出来。
那现在……该怎么处置已经被宣布为“伪将军”的真将军足利义藤呢？细川晴元直感到头疼。软禁起来？那幕府里怕是有很多人要对细川晴元不满吧？放归？那万一这面真正的旗帜又被三好长庆或是反对细川家的人拿去怎么办？或者所幸放弃足利义秋，重新拥立足利义藤——这世上都没有这么做的吧，真这样反复无常，细川家不成笑话了？
就在细川晴元胡思乱想之际，意想不到的事态突然发生。
只见足利义藤“腾”地一下从主位上坐起，当着南军所有大名的面，抬起手，狠狠地指向了细川晴元道：
“晴元逆贼，焉尴毒害我父上？