深夜，寂静的月光下，宋慈的院落突然被一阵急促的脚步声打破。宋皇带着慌乱的神情闯入，大呼道：“宋慈，速来救驾！”然而，话音刚落，一支利箭便穿透了夜色，直射进宋皇的胸内。一声惨叫划破夜空，宋慈猛地从梦中惊醒，冷汗淋漓。
次日，宋皇下旨，紧急召宋慈进京复职。在回京的路上，宋慈凭借过人的智慧和敏锐的洞察力，成功破解了一桩民间命案，令众人赞叹不已。而在这起案件的侦破过程中，英姑犹如天外来客般突然现身，她的出现，更为整个故事增添了几分神秘色彩。
就在宋慈刚刚抵达京城之际，宫中内侍突然传旨，召他深夜进宫。夜色中，宫廷的深邃与隐秘仿佛隐藏着无数未知的秘密，令宋慈心生警惕。
与此同时，御史王儒璋私下访问湖州，发现护洪堤长期失修，汛期险情岌岌可危。他决心追查朝廷拨给湖州的五十万缗修堤资金的下落。新任湖州知府曹墨也意识到问题的严重性，开始全力追查这笔巨款的下落。
然而，一场突如其来的洪水席卷了湖州，无数生灵涂炭。在洪水的冲刷下，一具尸骨露天现世，令人触目惊心。知县姜汝成高举尸骨上留下的玉佩，面色惨白地喊道：“难道老天真要亡我大宋吗？”随即中风倒地，不省人事。
曹墨为了承担责任，自担了五十万缗失踪之责，被押解进狱。临行前，他将玉佩交给妻子玉娘，嘱托她将其交给宋慈。玉娘为了寻求真相，夜闯提刑司，将玉佩交给了宋慈。于是，一场惊心动魄的追查“皇室谜案”的序幕，就此拉开。
在夜色朦胧的牢狱深处，宋慈秘密拜访了身陷囹圄的曹墨。他紧握那块玉佩，沉声对曹墨说：“此玉佩乃皇室之物，此案非同小可，必须上奏皇上，深入追查。”曹墨眼中闪过一丝复杂的情绪，但他深知事态严重，点头默许。
户部尚书伍德却向宋皇进言，以王朝安危为重，劝诫皇上不要因为区区五十万缗的小事而动摇大局。宋皇陷入沉思，权衡利弊。
与此同时，御史王儒璋深夜提审曹墨，试图逼问出五十万缗的下落。但曹墨咬紧牙关，宁死不屈，他提出一个请求：希望能出狱三日，处理完灾后的善后事宜，之后愿接受朝廷的任何惩罚。王儒璋犹豫片刻，最终答应了曹墨的请求。
另一边，宋慈心中疑云重重，他来到史馆，希望能从史册中找到关于那位皇室贵胄遗体的线索。然而，当他翻阅皇子皇孙生时卒年的史册时，惊讶地发现有几页竟然被人撤去，而且据说还因此导致一位史官丧命。宋慈的眉头紧锁，他意识到这绝非简单的失窃案，而是一场精心策划的蓄意谋杀。
宋皇深思熟虑后，决定让曹墨戴罪立功，去完成湖州灾后的重建工作。曹墨感激涕零，在皇街上长跪不起，叩谢圣恩。户部侍郎李佑淳却私下找到伍德，低声告诫他：“圣上虽放了曹墨，但五十万缗专银案并未了结。更大的案底即将浮出水面，你要小心行事。”
宋慈为了寻找线索，踏上了前往天目山的路，寻访当年的太子太傅阚愚直。当他将玉佩展示在阚老先生面前时，这位二十年未曾开口的老者，竟然轻声唤出：“起风了。”这简短的话语，似乎隐藏着无尽的秘密。
英姑担忧地看着宋慈，她告诉宋慈这玉佩之案很可能涉及皇室内部的血腥争斗，劝他不要深入追查。但宋慈眼中闪烁着坚定的光芒，他沉声道：“此案关乎大宋安危，若不揭开这个谜底，消除王朝的隐患，我宋慈岂能心安？”
为了揭开皇室谜案，宋慈来到中风的姜汝成家，留下药物和钱财，希望姜汝成能够康复，为案件提供关键线索。然而，玉贞却试图阻止宋慈深入此案，她搬来了婆母。但出乎意料的是，婆母却支持宋慈深入追查此案，她深知只有揭开真相，才能还朝廷一个清明。
在史官裴时安的家中，宋慈意外发现了当年裴老史官抄录的皇子皇孙生卒时表。他仔细研读，渐渐揭开了一个惊人的秘密——现今的皇上竟然不是先皇的亲生之子！这个发现让宋慈震惊不已，他意识到这起案件远比想象中更加复杂和危险。
在深夜的皇宫中，宋皇端详着那块玉佩，眼中闪过一丝惊愕。他缓缓开口，声音带着几分沉重：“这块玉佩，乃是当年太子随身之物。可我记得，太子早已在那场火灾中离世。那么，它怎会出现在荒山野岭的一具尸骨上呢？那皇陵中的太子，究竟又是何人？”
宋慈心中涌起一股强烈的不安，他深知这背后定有惊天秘密。为了揭开真相，他深夜潜入提刑司，请求开皇陵验尸。然而，这在大宋法律中乃是重罪，一旦惊动皇陵，便会诛灭九族。
宋母得知此事，心如刀绞。她带着全家数口，被缚在皇陵外的刑台上，等待着宋慈开棺的结果。那一刻，整个家族的命运都悬于一线。
终于，宋慈手捧尸骨走出皇陵，他的脸色苍白而凝重。他缓缓走到宋皇面前，沉声道：“陛下，陵内并非济王尸骨，而是一具怀胎十月的女尸。”此言一出，宋皇及众人皆惊
呆了。他们无法相信，皇陵中竟藏着如此惊天秘密。
而宋家数口，也因此躲过了这场灭族之灾。然而，对于宋慈来说，这仅仅是揭开真相的第一步。
皇陵验尸使得太子失踪案大白于天下，然而，这并未让宋慈停下脚步。史官裴时安劝他此案可以终结了，但宋慈却从丢失的史册上发现了一处血手印，这成为了新的线索和疑点。
他深信，太子失踪与史料被窃之间定有千丝万缕的联系。于是，宋慈再次进宫，奏见圣上，请求深入调查此案。他知道，只有揭开这一切的真相，才能还朝廷一个清明，还百姓一个公道。
宋慈神情凝重地奏请圣上：“陛下，臣恳请暂缓尸骨入殓下葬。济王之死因何而起，又缘何被弃于荒山野岭，这一切仍如重重迷雾，未能解开。”宋皇面色沉肃，他深吸了一口气，缓缓道：“朕已下旨，为济王举行四十九天的皇家祭礼。宋慈，朕命你在此期间查清济王死因，若无法完成，后果自负。”
与此同时，曹墨已返回湖州，忙于处理灾后重建事宜。王儒璋心中疑虑重重，他决定私访湖州，亲自查探曹墨的为人。当他看到百姓对曹墨的功德赞不绝口时，心中不禁动摇。他暗自思忖：“如此清官，怎会贪吞专银？”于是，他下定决心要再次面见曹墨，查清真相。
就在王儒璋准备拜访曹墨之际，他的门生邹少卿却匆匆赶来，神色紧张地告知他：“御史大人，曹墨昨夜已飞马进京了。您此行湖州查专银案，务必小心行事。”王儒璋闻言，眉头紧锁，心中涌起一股不祥的预感。他深知，这场专银案背后，必定隐藏着更深的秘密和阴谋。
曹墨心怀满腔的疑惑与急切，欲求面见圣上，然而却被御林军毫不留情地推出宫门。他无奈之下，转而来到提刑司，面色凝重地找到宋慈。曹墨深吸一口气，沉声道：“宋大人，要想真正揭开济王生死之谜，唯有让姜汝成开口说话。他或许是解开这一切的关键。”
与此同时，英姑悄悄潜入提刑司，将那具神秘的尸骨头颅偷出。她找到了摸古先生，请求他通过鉴摸骨骼来推测人像。然而，当摸古先生完成他的推测后，英姑看到的结果却让她心惊魂呆，仿佛看到了什么不可思议的事情。
而在另一边，宋慈也在用自己的方式寻找线索。他利用尸体的脚骨，精心塑出了一个人的脚部形状。然而，当他将这个“人脚”与济王的朝靴进行对比时，却发现两者根本无法相配。这一发现让宋慈的心中涌起一股强烈的不安。
宋慈立即将这一发现奏报给圣上，他声音坚定地说：“陛下，经过仔细查验，这具尸骨并非济王，而是一位船夫。”此言一出，宋皇大怒，他无法接受这样的结果。他怒视着宋慈，命令他在中秋月圆之日查清济王生死真相。
济王生死之谜在朝廷上下引起了巨大的震动。就在此时，一位三朝老臣杜汝圭，颤颤巍巍地走到刑部尚书面前，他的眼中闪烁着复杂的情绪。他深吸一口气，缓缓道出了当年奸臣废太子、立现今圣上为帝的真情。这一消息如同惊雷般在朝廷中炸开，让所有人都震惊不已。
宋慈紧张地跪在御前，奏请圣上：“恳请陛下在三天内下旨，允许臣去查清济王生死案。然而，三日之期将近，却迟迟未见圣旨，臣心中焦急如焚。”英姑看到宋慈这般模样，心疼地劝道：“宋大人，别再查了，免得再引来九族之祸。若三天期满仍未有圣旨，您便辞职归故吧。”
宋慈心中却有一股不甘之火在燃烧。他知道，这个案子关系到朝廷的安危，关系到济王的生死之谜。他不能就这样放弃。
此时，伍德也来到御前，向宋皇进言：“陛下，为了安稳众臣之心，尽快下旨让宋慈查济王案吧。不过，微臣要提醒陛下，即便宋慈有天大的本事，他也无从查明真相。因为知情人已如同死人，这个人就是姜汝成。”
宋皇听后，沉默良久。最终，他下旨让宋慈在一个半月内查清济王生死案。若不能按期破案，将重罪惩办宋慈。
另一边，王儒璋也向圣上举荐曹墨为百姓楷模，请求重用其人。宋皇听后，决定暗访湖州，亲自考察曹墨的为人和能力。
在湖州，宋皇密见曹墨，曹墨向圣上讲出了五十万缗专银被贪的真情。他表示，为了朝廷之安，他愿意自己承担其罪。曹墨的忠臣之举深深打动了宋皇。宋皇向曹墨点示了户部侍郎李佑淳被人参奏私心之重，并嘱咐他妥善处理专银之事。曹墨心领圣意，拜谢圣上后，走进了御史府。
曹墨怀揣着沉重的秘密，找到了王儒璋，他低声而坚定地揭发了李佑淳吞贪五十万缗专银的丑事。王儒璋听后，脸色骤变，他立刻下令抓捕李佑淳。然而，当官兵推开李府的大门时，他们发现李佑淳已经躺在了一片血泊之中，他的双眼瞪得大大的，似乎死不瞑目。
王儒璋心中涌起一股强烈的不安，他请来了宋慈来现场查验李佑淳的死因。然而，宋慈的查验结果却让人摸不着头脑，他给出的结论模糊不清，让王儒璋大生疑