至于商税，明清两代都是抓大放小，即大部分商税都来自于交通要隘的税关，实际上就是以征收长途贩运的过境税为主。至于城镇商税，只对于持牌经营的大型商户征收牙税，而小型店面、摊位，明代官员也尝试过征收门摊税，结果因为数额不大朝廷缺乏兴趣而被取消。这一次县政改革之后，南京军机处规定所有商家均需换发朝廷印制的牌照，牌照分为超、甲、乙、丙四等，商家需按牌照等级分春秋两季纳税。对于一门一户的门面摊位，也给予特别牌照，按年换发缴税，税额仅为每年一百铜钱，刚刚能覆盖征税成本，所以意图不在于征税，而是通过这种方式了解市镇微小经济的形势。
毛渊明虽然是企业家，但对这些细微的税务问题兴趣不大，甚至觉得有些繁琐。常镇业是银行职员出身，反而非常在意这些细节。因此两人定下来，仍由常镇业负责，与留守京城的内阁大臣、六部尚书开会，商议将浙江试点的各项方案在山东推行，若在山东畅行无阻，就继续在北直隶、山西和河南推行。
当然，毛渊明也有正事要干，那就是处理皇帝与蒙古王公会盟之事。按照事前的方案，皇帝到达热河之后，与蒙古王公们见面，接受蒙古王公们的朝贺。蒙古王公们宣誓效忠，将清朝赐予印、册等物上缴，并且接受大明皇帝赐予的新印、册。
会盟完成之后，朝廷会向每盟派驻大臣，作为朝廷代表管理散居在各旗的汉人，处理商贸等事务，而每位王公也都要派遣一位大臣或者兄弟子侄进京居住，一来作为王公与朝廷的交流沟通渠道，二来也管理本旗在京城和附近居住的人员。
唐云沛和谢成武早已在北外城划出一块区域，建设蒙古会馆区。区内每一座会馆建筑都将居住一位蒙古王公的代表。会馆的建筑模式为坐北向南，门面宽三十丈，纵深三十丈，分前后两进。第一进是办公室和随员住处，也可以临时招待一些来京的蒙古人居住，第二进是代表的住处，有汉式房屋和蒙古包各一座。
会馆区基本上已经竣工，毛渊明和唐云沛前往视察时，只差一些墙面粉刷和灯笼安装的工作还在进行。毛渊明仔细检查了房屋内部的装饰，特别是蒙古包的形制。唐云沛告诉毛渊明，这些蒙古包都是请在京的蒙古工匠制造，质量好，而且符合蒙古人自己的居住习惯。
毛渊明见一切都准备充分，自然也非常满意。唯一的问题是，对会馆区是否需要整体上修建围墙，大臣们在开始建造会馆区之前就有争议。
认为应该修墙的一派主要是兵部的官员，认为蒙古人和大明属于“非我族类其心必异”，虽然目前整体上温顺臣服，但京城北外城汉、满、蒙杂居，难保这些蒙古人不会与百姓发生冲突，应该修一道围墙，将会馆区围起来，四面各开一门，派兵士把守，平时闲人免入。
反对修墙的大臣主要是理藩院的官员，他们认为蒙古人生于草原，喜欢四面开阔的居住方式，若是用围墙围起来，蒙古人势必觉得不舒服，而且会产生朝廷囚禁他们的感觉，不如不修。
两派各执己见，谁也无法说服谁，最后在索额图的调停之下，取了一个折衷方案：依照西安满城的形制，暂时先在会馆区周围建一圈木栅栏，同样是四面开门，派兵士把守，出入需要令牌。但若蒙古代表们入住之后感到不适，那么就将栅栏拆除。修栅栏比修墙成本低，拆除却更容易，而且木材还能回收利用。
现在根据每日传来的快报，皇帝已经在回京的路上，预计中再有十五到十八天左右就要到达。会馆区周围的栅栏也已经竖了起来，看上去颇有气势。
说到理藩院，毛渊明忽然想起，南京方面的行文也并不只有县政改革内容，项绍宽还在另一份公文中催促，以理藩院柔远司名义，向云南派驻行司官员，对云南及周边地区的土司情况进行重新排查。
理藩院是个清朝创设的衙门，主管对蒙古的通商贸易、逃民、司法等事务，兼理西南土司夷人事务。明军光复京城之后，理藩院被保留了下来，定为从二品衙门，设有尚书、汉侍郎、满侍郎、蒙侍郎，与六部格局相似，只不过低了半级。理藩院下设满洲、蒙古、吐蕃、航来和柔远五个业务司，和文学、理刑两个事务司。其中满洲司和蒙古司恰如其名，专管关外满洲各旗和塞北蒙古盟旗业务；吐蕃司暂时空有名称并无机构，只辖有一个喇嘛处，管理在京黄教僧侣寺院业务；航来司负责东洋和南洋藩属，目前也只有琉球一家的业务。文学司管理从清朝继承的满洲、蒙古文学堂，并设有翻译馆，翻译和保存满蒙文字书籍档案；理刑司专司满蒙人犯的抓捕审讯处刑等事务。
柔远司管理西南夷人事务，在剿灭吴世璠之前，并无具体管辖对象，只是遥设机构。不过，在大军出征安南之时，军机处已经未雨绸缪，拣拔熟悉云南形势的湖广、四川、广西籍官员二十余人，在柔远司候任，一旦西南平定，即差遣这些官员前往赴任。这些人本该在接到郑克臧克复昆明的报捷文书之时就从京城出发，但考虑到云南混乱的局面尚未完全平复，仍让这些人在京待命。
如今明珠人已到达昆明就任，云
南总督府和承宣布政使司、提刑按察使司都已经设立，陈世凯也奏报昆明一带形势趋于平稳，确实应该抓紧派人前去。毛渊明与常镇业商议，将所有官员分为六组，分赴昆明、大理、楚雄、永昌、临安、曲靖等六处，分理各地土司事务，清查土司人口、田地以及其它营生项目，详细上报朝廷。土司头人仍依旧制，按掌握人口土地规模不同，分别授予府土同知、州土同知、土县丞等职位。一旦清理统计完毕，职位授出，各土司头人须派子侄或者亲信家臣进京谢恩。
唯独侬鹏因为在平定吴世璠的战役中派兵参与而且建立功勋，以特旨晋封广南府土同知兼广南卫指挥使、世袭三等轻车都尉，侬绳英为广南卫指挥副使——这个不起眼的安排，却是项绍宽和吕宪华精心策划的：侬鹏以嫡子侬绳武为继承人，庶长子侬绳英却因为这次参战立功获得了朝廷官职，将来两兄弟必有一番斗争。
另外，南京军机处还正式提报，结束安南征伐的特殊时期，全国进入向常规化管理转变的过渡期。
在皇帝回京后、安南征伐前，北京军机处和内阁只处理北直隶和山东、山西、河南三省政务，其余各地军政事务，仍汇总到南京，由南京军机处和留守司办理。现在安南征伐结束了，应该逐渐向常规化管理过渡。只不过，因为云南初定，四川、湖广、广西邻近云南的地区依旧匪患不断，刘国轩等人还要继续派兵剿抚，由南京军机处继续掌握这些军务比较便捷。因此，南京军机处建议，自本年冬至日起，陕西省的一切军政事务转由北京军机处和内阁管理，河槽总督府的人事权也交由北京吏部考铨任用，其余各省仍暂由南京代管。