八封信函全部由金和光自己起草，请司徒辉、毛渊明、常镇业等人帮忙修稿之后定稿，然后请柏应理翻译成拉丁文。内容基本上都是恭维对方的名声，并且表达希望交流之意。
八位科学家之中，马略特、波义耳在气体压力方面的研究应该已经有了成果，希望他们能够将相关的论文和实验器具分享一些给大明，卡西尼和惠更斯的天文观测成果，想必也已经很成体系，也希望他们能够分享。
唯一的问题是，这些信件的落款应该怎么写。如果署大明皇帝的名，似乎过于隆重了。如果是毛渊明或者金和光的名字，对方又很难理解这是什么身份的人。要是有个专门的机构就好了。
毛渊明觉得很好办，可以立刻成立一个大明科学院，请梅文鼎担任院长，然后落款就写梅文鼎的名字。
但司徒辉表示还不行，因为成立大明科学院不能草率，尤其是各种章程，最好参考一下英国伦敦皇家学会和法国皇家科学院的章程。所以比较温和的办法是，请署理钦天监监正方中通署名，等柏应理、沈福宗一行回来时，请他们将两家学会的章程各带一份回来，再考虑设立大明科学院的事。
毛渊明觉得司徒辉说得有理，柏应理又说，自己来华之前，英国伦敦皇家学会也才刚刚成立不久，而法国皇家科学院是自己来华之后才成立的，自己也仅是听后来的传教士们说起过。因此，成立大明科学院不必急于一时。
商议停当，金和光拿了信去请方中通签名，方中通不知道收信的人都是谁，东问西问，金和光也只好耐心解释。然后金和光将信件都交给柏应理保存，还格外嘱咐沈福宗一件事：不管用什么方法，若是能够弄到一幅罗伯特·胡克的画像就再好不过了。
接下去的日子，沈福宗继续认真学习热气球驾驶技术，毛渊明等人则催着礼部的官员准备会试的事，又炮制了一份给教宗的国书，请朱慈炤签名落款。
中间开了两次军机处例会，林樱才从潘兴这里了解到，前线的局势算得上一片大好。被康熙从辽东调往徐州防御的信郡王鄂札，已经被明军围困在徐州城附近。东路明军在吕宪华的带领下，和日军一起攻陷了海州，实现了事前设立的战略目标。
刘国轩方面也有进展，图海之前在岳州一带被打败，眼下在襄阳难以坚持，很快向关中撤退，刘国轩几乎是兵不血刃就占据了襄阳。
随着马宝和胡国柱的大军向西进入四川，张勇率领的四川的清军也开始向北撤退，王屏藩顺势发起反攻，基本收复了成都平原。另外，还有一个听起来是坏消息，其实却是好消息的事情：张勇向汉中撤退的时候，胡国柱不听马宝阻拦，执意率军追赶，结果遭到张勇的伏击，兵败身死。胡国柱是吴三桂的女婿之一，军事能力不错，对吴世璠也极为忠诚，胡国柱的死，对于大明朝廷来说，其实是可以偷着乐了。
清帝康熙再次派人前来徐州议和，这一次规格更高，是康熙的哥哥裕亲王福全领衔，明珠和慕天颜等人都随行。双方会面之后，福全一改清廷之前坚持的“依绍兴和议例”的主张，提出“依檀渊之盟例”，明清结为兄弟之邦，以秦岭、黄河为界。
无论是军机处北伐小组还是郑克臧，都对这次清廷议和的态度嗤之以鼻，原因也很简单。两军强弱之势已经彻底改变，现在是明军北伐光复河山的大好时机，谁在这个时候议和，谁就是赵构秦桧。
不过，军机处最担心的还是清廷放弃中原向东北逃窜，虽然不影响明军收复京师，但大批满人逃到关外对将来收复辽东非常不利。因此，怎样稳住清廷是个大问题。
项绍宽在军报中说，许纬辰、姜承志和福全、明珠、慕天颜连续会谈了多次，议和毫无进展，但有了一个成果——郑克臧代表大明对清廷保护京师周围明朝历代皇陵表示感谢，请福全代为传递一份国书给康熙。
这个感谢非常耐人寻味，也是许纬辰、姜承志、洪诚丘、王鼎等人费尽心机想出来了。感谢清廷保护明代皇陵，也就等于向清廷暗示，不日后会对清朝皇室采取残酷的报复手段。
另外，许纬辰还邀请福全南下，到南京觐见大明皇帝，但福全表示康熙的旨意没有授权他这么做。
到四月初为止，战场消息大致如此，南京城内因为前线的节节胜利而充满了喜庆的气氛。来参加会试的各地举人也已经群贤毕至，连最遥远的云贵二省也有举人到京应试，总共报名人数达到了一千三百多人。
会试一共三场，分别在四月初九、十二和十五。主考官由翰林院掌院学士葛世振出任，副主考则是范承谟。范承谟虽然是范文程的儿子，却是正途进士出身，并非恩荫入仕，虽然有人对这个满洲包衣之子当主考有些意见，但毛渊明和陈永华都认为不得不如此：目前在南京的绝大部分有科名的官员都是南方人，尤其是以浙江人居多，葛世振已经是浙江人了，如果副主考也是浙江人，那就会显得有失公允了。
会试的内容和上一次乡试一样，第一场考四书五经，第二场考钱粮判例，第三场考策论。毛渊明本来有心对考试内容
作进一步的改革，但最后考虑到现在需要的是收拢人心，激进的改革可能会令举人们不满，所以最后决定暂时缓一缓。
四书五经的考题由皇帝亲自出，钱粮判例的考题由户部和刑部出，策论题目本来也可以由皇帝出，但毛渊明忽然想到前线和谈的事情，想给许纬辰他们来个神助攻，因此自己拟定了题目。
考到第三场，主考官葛世振打开装有试题的密封锦盒，取出试题打开，不禁大惊失色，连忙递给旁边的范承谟。范承谟接过试题一看，也吃惊不小。只见纸上写着“试论：王师之讨清虏，固在所必胜，然思以善后之策，当尽剿乎？当招抚乎？”。
这个题目不但大胆，而且紧贴时政，考生必须要畅言己见，又无法揣摩出题者的意思，一下子在考场引起了剧烈的反响。考生花了一天完卷之后，还在纷纷议论。
会试之后是殿试。通常殿试会安排在会试次月的二十一日，但今年会试的时间已经晚了，不好再等这么长的时间，于是把殿试提前到了五月十一日，虽然这么做对于阅卷的考官来说有些辛苦。
会试的试卷判完之后，参加殿试的贡士名单也就产生了，万斯同毫无疑问地摘得会元。由于事前决定本次恩科要加额录取，因此定下的录取额为三百人。结果揭名之后发现并无云贵考生中试，便临时决定，从云贵两省考生之中取名次最佳的各二人增录，总共产生了三百零四名贡士。
殿试依旧在武英殿举行，因为人数较多，殿内无法容纳，只得在殿前广场搭起凉棚，作为考试场所。殿试题目依例只考策论，一共三道题目，分别由陈永华、李之芳和毛渊明出题，陈永华问明清土地易主如何归属，李之芳问旗籍汉人安插方略，毛渊明问外洋船只登陆贸易利弊。三道题全部是非常贴合形势的时政题，贡士们固然是才高八斗，也不由得挠头。